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Annales de Biologie Clinique

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La RT‐PCR en diagnostic clinique Volume 61, numéro 6, Novembre-Décembre 2003

Auteurs
Laboratoire de biochimie génétique, Fédération de génétique, Hôpital Robert Debré (AP‐HP), 48, boulevard Sérurier, 75019 Paris caveinfobiogen.fr Laboratoire de génétique moléculaire, Je Dred 351, Faculté de pharmacie Paris V, 4, avenue de l‘Observatoire, 75006 Paris Service de biochimie et hormonologie, Hôpital Tenon (AP‐HP), 4, rue de la Chine, 75970 Paris cedex 20 Laboratoire de biochimie A, DBI ‐‐ Pavillon B, CHU de Grenoble, BP 217, 38043 Grenoble cedex 09 Laboratoire d‘oncologie biologique, Faculté de médecine ‐‐ Secteur nord, bd Dramard, 13916 Marseille cedex 20 Laboratoire de biochimie A, Hôpital Saint‐Antoine (AP‐HP), 184, rue du faubourg Saint‐Antoine, 75012 Paris Service de biologie, Hôpital Robert Bellanger, 93602 Aulnay sous Bois cedex Laboratoire de biochimie, Emi‐Inserm 00‐14, Faculté de médecine de Nancy, 9, avenue de la Forêt de Haye, BP 184, 54505 Vandœuvre Laboratoire de génétique moléculaire, Institut de biologie, 4, bd Henri IV, 34060 Montpellier cedex

Le domaine d‘application de la RT‐PCR (reverse transcription‐polymerase chain reaction) pour le diagnostic clinique comprend l‘étude de la charge virale des virus ARN, et l‘analyse du produit de l‘expression des gènes. La RT‐PCR est également souvent utilisée pour faciliter le séquençage de grands gènes. On assiste actuellement à un élargissement majeur du champ d‘application de cette technique suite au développement des approches quantitatives par PCR en temps réel. La transcription inverse est cependant une réaction délicate du fait d‘une part, de sa faible reproductibilité et, d‘autre part, de la fragilité de l‘ARN et de sa contamination fréquente par de l‘ADN. Il faudra aussi dans certains cas obtenir une amplification spécifique dans un milieu où des séquences homologues peuvent être présentes en quantités très largement supérieures à celles de la séquence d‘intérêt. Tout ceci impose d‘adopter des précautions particulières dans la mise en œuvre expérimentale de la RT‐PCR, dans le choix des amorces de PCR, et dans l‘utilisation de standards internes ou externes. Cette revue a pour objectif de faire la synthèse des différents paramètres importants pour aider à la mise en œuvre d‘une réaction de RT‐PCR et pour adapter la stratégie de transcription inverse à l‘objectif poursuivi.