How to say it

«Ce qui se conçoit bien s'énonce clairement... » écrivait Boileau, il y a plus de 300 ans. La plupart des sciences qui se sont développées depuis le xvii^e siècle ont suivi, volontairement ou non, ce principe. Elles ont adopté une terminologie qui, à défaut d'être accessible à un large public, est précise et permet aux spécialistes de chaque discipline de se comprendre sans trop d'ambiguïtés. La virologie est une discipline récente mais son unité conceptuelle a été instituée d'emblée par la définition même des virus, telle qu'elle a été énoncée au début des années 1960 [1, 2]. On pourrait donc s'attendre à ce qu'elle bénéficie d'une nomenclature bien structurée et d'usage bien codifié. Il n'en est rien et il faut admettre que notre discipline a pris quelque retard en la matière. Certes, il est facile de trouver des circonstances atténuantes. L'évolution rapide des connaissances, l'implication d'un nombre croissant de virus dans tous les domaines de la biologie et de la médecine ont imposé d'autres priorités scientifiques que la mise en place et l'usage raisonné d'un vocabulaire spécifique. Par ailleurs, une nomenclature précise suppose une classification des virus tout aussi précise ; or, la taxinomie virale (le terme synonyme de taxonomie est aussi utilisé mais son emploi est déconseillé par le Robert) a quelque peu erré avant d'atteindre la forme que nous lui connaissons aujourd'hui. Il est sans doute temps maintenant de fixer quelques règles communes de nomenclature et d'essayer de les suivre ; le discours virologique ne pourra qu'y gagner en rigueur, compréhension et crédibilité.

La classification des virus des bactéries ­ les phages ­, des plantes et des animaux s'est initialement fondée sur des propriétés biologiques telles que le tropisme pour un hôte, un tissu ou une cellule donnée, le pouvoir pathogène chez l'hôte, des propriétés épidémiologiques particulières. On a ainsi distingué les phages des virus animaux et des virus végétaux. On a parlé, par exemple, de l'ensemble des virus des hépatites et créé le groupe des arbovirus qui rassemblait des virus très différents sur le plan structural mais tous transmis par les arthropodes, insectes en particulier (arthropod-borne virus). Devant les difficultés soulevées par une classification aussi disparate et avec une meilleure connaissance de la nature des virus, la priorité a été donnée aux propriétés structurales et biochimiques des particules virales, encore appelées virions. Les critères majeurs pris en compte ont été, pendant plusieurs décennies, la nature de l'acide nucléique, la symétrie de la capside, la présence d'une enveloppe, le nombre de capsomères pour les capsides à symétrie cubique ou le diamètre de la nucléocapside pour les capsides à symétrie hélicoïdale. Plus récemment, l'analyse moléculaire fine du génome viral, incluant la détermination de sa séquence nucléotidique et de sa stratégie d'expression, a pris une place prépondérante. Reléguant au second plan les propriétés biologiques, les propriétés structurales et biochimiques ont permis de regrouper des virus par un ensemble de caractères communs les distinguant d'autres groupes de virus. Ces regroupements sont supposés correspondre à une relation phylogénétique entre les virus du groupe, qui dériveraient ainsi tous d'un ancêtre commun. Les différents niveaux hiérarchiques de ces regroupements sont, par ordre décroissant, l'ordre, la famille, la sous-famille, le genre, l'espèce. Au-delà de l'espèce, on trouve le type, le sous-type, le variant et la souche, point ultime correspondant sur le plan opérationnel à une population clonale de virus tous identiques. La notion d'isolat s'applique à un mélange de souches obtenu par culture d'un échantillon biologique et ne s'intègre donc pas directement dans ce schéma de classification. Il faudra sans doute prochainement, devant l'importance prise par certains virus non cultivables, créer la notion d'amplifiat, population virale virtuelle caractérisée par un mélange de fragments d'ADN obtenus par amplification génique à partir d'un échantillon. Le terme de quasi-espèce, rendu extrêmement populaire grâce au virus de l'immunodéficience humaine et au virus de l'hépatite C, doit être lui aussi situé en marge de la classification : il désigne un ensemble de souches d'une même espèce en équilibre dynamique au sein d'un organisme infecté.

Parallèlement à la classification, le Comité international de taxinomie virale (ICTV) a défini une nomenclature [3]. Les noms d'ordre sont construits avec le suffixe
-virales, ceux de famille avec le suffixe -viridæ, ceux de sous-famille avec le suffixe -virinæ, ceux de genre avec le suffixe -virus. Les noms latins ainsi définis doivent s'écrire en italique, avec une majuscule, sans accent et sont invariants : l'ordre des Mononegavirales, la famille des Retroviridæ, la sous-famille des Betaherpesvirinæ, le genre des Enterovirus. L'usage, pour les noms de famille, de formes francisées construites avec le suffixe -viridés ne paraît pas très pertinent : il n'a jamais été appliqué qu'aux noms de famille, laissant innominés les niveaux hiérarchiques sous-jacents ; il crée une particularité locale face à un nom latin qui paraît bien consensuel ; il introduit des accents, difficiles à gérer, à l'époque de l'Internet, avec des claviers de machine à écrire internationaux. La crainte de paraître pédant ou la méconnaissance de la nomenclature expliquent quelques réticences à utiliser les noms latins : couramment, on préfère souvent dire la famille des flavivirus plutôt que la famille des Flaviridæ ou les Flaviviridæ, et cela peut être accepté dans le sens de famille (niveau taxinomique précis) contenant des flavivirus (au sens de nom courant). En revanche, le terme isolé de flavivirus est ambigu, pouvant désigner la famille des Flaviviridæ, un de ses genres, les Flavivirus, ou un groupe de virus non classés de cette famille.

Il n'y a malheureusement pas de consensus pour les noms d'espèce en virologie. On peut regretter l'absence d'un nom latin universellement reconnu qui prolongerait la terminologie des niveaux de classification supérieurs et qui serait en harmonie avec les autres disciplines microbiologiques : Escherichia coli, Candida albicans, Plasmodium falciparum ont le mérite d'être des termes parfaitement utilisés et compris par les biologistes du monde entier. Une éphémère nomenclature latine est pourtant apparue à la fin des années 1970 mais, peu utilisée, elle est tombée en désuétude : qui se souvient encore que Herpesvirus hominis et Herpesvirus varicellæ désignaient respectivement le virus de l'herpès et le virus de la varicelle et du zona ? C'est donc le nom courant, propre à chaque langue, qui est en usage. Ce dernier s'inspire en général de la maladie qu'il provoque chez son hôte : le virus de la rougeole, le virus de la fièvre aphteuse, le virus de la mosaïque du tabac. Du fait de la prééminence de l'anglais dans les communications scientifiques, les noms courants dans cette langue sont parfois considérés comme des dénominations internationalement reconnues. Cela pose évidemment des problèmes de prononciation, d'orthographe et parfois de compréhension, car il faut se méfier des faux amis : rubeola est synonyme de measles (la rougeole) et non pas de rubella (la rubéole). L'absence de cadre précis pour la nomenclature des espèces virales tourne parfois à la cacophonie : les virus de l'herpès de type 1 et de type 2 (un accent à herpès car il s'agit de la maladie) peuvent aussi être désignés par les virus de l'herpes simplex de type 1 et de type 2 (pas d'accent à herpes car il s'agit ici de latin), les herpes simplex virus 1 et 2 (nom courant anglais, pas d'accent à herpes), les
herpesvirus humains 1 et 2 (nom « scientifique » international, pas d'accent à herpesvirus) quand ce n'est pas
herpesvirus tout court, cette dernière appellation étant source de fréquentes confusions en pratique médicale.

Un autre particularisme relié à la terminologie des espèces virales est l'utilisation des abréviations pour désigner les virus. Certains pensent, et l'auteur de cet éditorial fait partie de ceux-là, que les particularismes ne doivent pas être étendus trop loin et que les abréviations en langue anglaise, quand elles existent, doivent être largement utilisées, même dans les textes français. D'autres souhaitent que les abréviations françaises soient maintenues car elles dérivent directement, en particulier en ce qui concerne l'ordre des lettres majuscules, des noms courants en français et, d'une certaine façon, préservent l'usage de notre langue déjà bien malmenée. Cette différence d'opinion se retrouve même au sein du comité éditorial de Virologie, revue pour laquelle a été adoptée de façon consensuelle la deuxième attitude. Force est de reconnaître, en toute partialité, que les défenseurs de la première attitude n'ont pas tout à fait tort. En pratique, si l'utilisation conjointe de HIV (abréviation anglaise) et VIH (abréviation française) pour le virus de l'immunodéficience humaine est bien acceptée (la deuxième abréviation est d'ailleurs reconnue internationalement), l'utilisation de VHB au lieu de HBV pour le virus de l'hépatite B suscite déjà quelques réticences, celle de VEB au lieu de EBV pour le virus Epstein-Barr n'est quasiment jamais pratiquée et d'autres virus, comme le HTLV, n'ont aucune abréviation française consacrée. Outre son utilisation intensive sur le plan international, la notation anglaise a le mérite de placer la majuscule V pour virus en fin des abréviations, ce qui facilite grandement leur reconnaissance comme des sigles virologiques. Il est peu probable que l'utilisation des abréviations anglaises contribue de façon significative au déclin de la langue française ; en revanche, cette utilisation compenserait en partie le manque d'une nomenclature internationale des espèces virales qui, pour l'heure, paraît bien lointaine.

Quittons les virus pour parler de ceux qui les étudient. Doit-on parler de virologues ou de virologistes ? La différence de suffixe est modeste, avec une même racine grecque : logos, la parole, le discours. Virologue et virologiste sont donc deux termes équivalents. Curieusement, le choix de l'un ou de l'autre ne se fait pas au hasard mais dépend de la volonté, et plus encore du subconscient, du locuteur. Une personne de formation médicale utilisera plus volontiers le terme de virologue, une personne de formation scientifique celui de virologiste. À moins que le distingo ne se trouve ailleurs : les virologues seraient ceux qui parlent de virologie et les virologistes ceux qui la pratiquent. Ou le contraire. Restons-en là et évitons toute querelle. Nous ne sommes pas si nombreux que nous puissions nous permettre une inutile division. Il faut définitivement admettre que les deux termes se valent et se disent. Il ne reste plus aux virologistes et virologues de bonne compagnie qu'à se retrouver pour réfléchir encore à l'avenir de la nomenclature virale.